2003-ban jelentős szabályváltozások történtek a Forma–1-ben – ezek közül a legjelentősebb az „egykörös” időmérő edzés bevezetése, valamint a pontrendszer megváltozása volt. Az eddigi pontelosztás most 10-8-6-5-4-3-2-1-re változott.
Ez a szezon jóval „döcögősebben” indult Schumacher számára, mint a korábbiak: negyedik lett Melbourne-ben, hatodik Sepangban, Interlagosban pedig kiesett, miután kicsúszott egy vízátfolyáson.
A San Marinói Nagydíjon nyerte első futamát az évben – ám ez egy szomorú győzelem volt, ugyanis az azt megelőző napon halt meg édesanyja. A soron következő futamokon Barcelonában és Zeltwegben szintén nyerni tudott, Monte-Carlóban harmadik lett, majd Montrealban ismét nyert. Ezt egy gyengébb sorozat követte: Nürburgring – itt visszatolták a pályára és ötödik lett, Magny-Cours – harmadik hely, Silverstone – negyedik hely, Hockenheim – hetedik hely, Hungaroring – nyolcadik hely. Mindez összefüggésbe volt hozható azzal a jelenséggel, hogy a Bridgestone gumik meglehetősen gyengén teljesítettek melegebb aszfalton a rivális Michelinhez képest, ráadásul vezetési stílusa miatt még a Bridgestone abroncsok közül is sokszor a lassabb kemény keveréket tették fel, míg csapattársa mehetett lágyabb gumikon.
A Magyar Nagydíjat követően a FIA felfedezte, hogy a Michelin abroncsainak futófelülete verseny közben a nyomás hatására szélesebbé válik a megengedettnél. A francia gumigyártó egy kiskaput használt ki a szabályokban, így addigi eredményeiket nem semmisítették meg, de megtiltották nekik, hogy a szóban forgó gumitípust a következő futamokon bevessék.
A világbajnoki pontverseny állása egyébként ekkor rendkívül szoros volt: az élen állt 72 ponttal a 71 pontos Juan-Pablo Montoya (BMW-Williams) és a 70 pontos Kimi Räikkönen (McLaren-Mercedes) előtt.
Monzában valamennyire növelni tudta előnyét azzal, hogy nyert Montoya, Barrichello és Räikkönen előtt, de a bajnokság még mindig nagyon kiélezett volt (Schumacher: 82 pont, Montoya: 79 pont, Räikkönen: 75 pont).
Az Amerikai Nagydíj döntő fontosságúnak bizonyult. Csak a hetedik helyen kvalifikálta magát, míg Räikkönen az elsőn, ám a versenyen eleredt az eső és ez kedvezett a német versenyzőnek, valamint a Bridgestone-gumiknak. Nyert Räikkönen előtt, míg a hatodik helyen célba érő Montoya elvesztette esélyét a világbajnoki címre.
A döntés közte és Räikkönen között az utolsó versenyre maradt, a Japán Nagydíjra. A változékony időjárás által nagyban befolyásolt időmérő edzésen a 14. helyen kvalifikálta magát, míg Räikkönen a nyolcadikon. A német versenyző egy számára meglehetősen mozgalmas versenyen a nyolcadik helyen ért célba, míg finn vetélytársa a másodikon, mely hatodik világbajnoki címét jelentette, amivel immár egyedüliként minden idők legsikeresebb Forma–1-es pilótája lett. A Ferrari versenyzője 93 pontot szerzett, míg Räikkönen 91-et. Ekkor jól jött neki a már korábban említett visszatolásért járó 4 pont, amit a Nürburgring-i 5. helyezéséért kapott. Nagyobb volt a különbség a futamgyőzelmek terén: míg ő hat versenyt nyert, addig Räikkönen egyet.