A 2006-os szezon volt Schumacher legutóbbi éve a Formula–1-ben. A szezon első versenye jól sikerült, hisz Bahreinben a második helyet szerezte meg az élről rajtolva. Ezután Malajziában a hatodik helyen ért csak a célba, csapattársa, Felipe Massa megelőzve őt az ötödik lett. Az Ausztrál Nagydíjon kiesett. Három verseny után 11 pontja volt és 18 ponttal volt lemaradva az éllovas Alonsótól, de Schumacher nem adta fel, és megnyerte az ezt követő két futamot. Mindkét versenyen a második helyet szerezte meg Alonso, így csak 4 pontot tudott rajta hozni. Monacóban megszerte az első rajtkockát, de az utolsó körében az autója az ideális íven megállt, emiatt Alonso nem tudott használható időt autózni. A FIA szándékosnak találta Schumacher cselekedetét, ezért a rajtrács végéről kellett rajtolnia. A szűk utcai versenyen, amelyen igen nehéz előzni, parádés autózással sikerült felérnie az ötödik helyre. A Kanadai Nagydíj után a hátránya 25 pont volt már Alonsóval szemben. Schumacher az elkövetkező három versenyt (Indianapolis, Magny-Cours, Hockenheim) megnyerte, aminek segítségével hátrányát 11 pontra csökkentette. A Francia Nagydíjon indulhatott utoljára forma 1-es pályafutása során az élről. Ezután következett a Magyar Nagydíj. Alonso kerékcseréje végett vetett a pilóta versenyének, mivel az egyik szerelő rosszul helyezte be az anyacsavart. Schumacher gumijai már teljesen elkoptak, de nem volt hajlandó kijönni a boxutcába. Pár körrel később kiesett a versenyből Heidfelddel való ütközése miatt, és a kilencedik helyet szerezte meg, de mivel Robert Kubica és autójának súlya kisebb volt az előírt minimumnál, őt kizárták, s így Schumachert a nyolcadik helyre rangsorolták, és ezzel egy pontot szerzett.
Ezután következett egy harmadik hely Törökországban, Alonso mögött. A Ferrari hazainak mondható pályáján Monzában győzött, míg Alonso motorhiba miatt kénytelen volt feladni a versenyt. Ugyanitt Schumacher bejelentette, hogy az évad végén visszavonul az aktív versenyzéstől. Ezután Kínában ismét ő állhatott a dobogó legfelső fokán, az élről rajtoló Alonso csak a második helyen ért célba. Ekkor pontegyenlőség állt fenn, de a hétszeres világbajnoknak több futamgyőzelme volt, ezért az idényben először vezette az egyéni tabellát. A Japán Nagydíj vége előtt 16 körrel Schumacher az első helyről esett ki motorhiba miatt. Ez volt az első motorhibája a 2000-es Francia Nagydíj óta. A versenyt Alonso nyerte, aki így az idény utolsó versenye előtt 10 pontos előnyre tett szert.
A Ferrari és Schumacher is tudta, hogy egyetlen esélye van a világbajnoki címre, akkor ha Brazíliában nyerni tud úgy, hogy Alonso nem szerez pontot. A német az utolsó időmérő edzésén csak a tizedik helyet tudta megszerezni technikai problémák miatt. Schumacher feljött a hatodik helyre, és Fisichellát akarta előzni, amikor a két autó összeért. A Ferrari bal hátsó defektet kapott és a versenyzőnek ki kellett állnia a boxba. Csak a tizenkilencedik helyre ért vissza. Lemaradása a csapattársával, Massával szemben ekkor 70 másodperc volt. Nagy tempóval feljött a negyedik helyre. Érdekes, hogy Forma–1-es pályafutásának utolsó előzését épp Kimi Räikkönennel szemben mutatta be, aki később az ő helyére ült a Ferrariban. Alonso a második helyen ért célba, és 13 pont előnnyel megnyerte a 2006-os Formula–1 világbajnokságot. Ezzel, akkor úgy tűnt, befejeződött a Forma–1 eddigi legsikeresebb versenyzőjének pályafutása.

2005-ben újabb jelentős szabályváltozásokat hoztak a Forma–1-ben. A legfontosabb az a gumiszabály volt, melynek értelmében a versenyzőknek egy garnitúra gumival kellett végigfutnia az időmérő edzéseket és a teljes versenytávot, valamint a motorszabály, amely szerint egy hajtóműnek két versenyhétvégét kellett kibírnia. A rajtsorrendről az első hat futamon két „egykörös” időmérő edzés döntött (egy szombaton, egy vasárnap), ám a nürburgringi Európai Nagydíjtól kezdve a nézők és a média általános elégedetlensége miatt eltörölték a vasárnapi időmérőt.
A Ferrari jóval gyengébb volt, mint az előző években, és Schumacher is elkövetett néhány hibát. Alapvetően mégis úgy tűnt, hogy az a tény okozza a legtöbb problémát, hogy a Bridgestone gumik kevésbé jól alkalmazkodnak az új gumiszabályhoz, mint a Michelin abroncsok. Fokozta a problémát, hogy a Bridgestone-nak a Ferrarin kívül már csak két kis csapat, a Jordan és a Minardi volt a partnere, így jóval kevesebbet tudták a gumikat tesztelni, mint a hét Michelin-istálló együtt. A szezon során egyetlen futamgyőzelmet aratott, méghozzá a „csonka” Amerikai Nagydíjon, amelyen csak hat versenyző állt rajthoz, a Michelin csapatai ugyanis nem indultak el, mivel abroncsaik nem voltak biztonságosak a híres ovál-kanyarban. A német pilótának ezen kívül egy pole pozíció (Hungaroring) és három második hely (Imola, Montreal, Hungaroring) volt a legnagyobb sikere a szezon során. A világbajnoki pontversenyben végül a harmadik helyen végzett Fernando Alonso (Renault) és Kimi Räikkönen (McLaren-Mercedes) mögött, összesen 62 ponttal.

A szoros csatát hozó 2003-as szezon után 2004-ben domináns év következett a Ferrari számára. Tizennyolc futamon összesen tizenhárom alkalommal szelte át elsőként a célvonalat (Melbourne, Sepang, Szahír (Bahrein), Imola, Barcelona, Nürburgring, Montreal, Indianapolis, Magny-Cours, Silverstone, Hockenheim, Hungaroring, Suzuka). Az évad első 13 versenyéből 12-t megnyert. A Magyar Nagydíj megnyerése után már csak csapattársának volt matematikai esélye ellene. A világbajnoki címet mégis egy második hellyel biztosította be a belgiumi Spa-Francorchamps-ban (ahol Kimi Räikkönen nyert a McLaren-Mercedessel) a Ferrari történetének 700. Formula–1-es versenyén.
A szezon során összesen 148 pontot gyűjtött – a második helyezett Rubens Barrichellónak 114 pontja volt.

2003-ban jelentős szabályváltozások történtek a Forma–1-ben – ezek közül a legjelentősebb az „egykörös” időmérő edzés bevezetése, valamint a pontrendszer megváltozása volt. Az eddigi pontelosztás most 10-8-6-5-4-3-2-1-re változott.
Ez a szezon jóval „döcögősebben” indult Schumacher számára, mint a korábbiak: negyedik lett Melbourne-ben, hatodik Sepangban, Interlagosban pedig kiesett, miután kicsúszott egy vízátfolyáson.
A San Marinói Nagydíjon nyerte első futamát az évben – ám ez egy szomorú győzelem volt, ugyanis az azt megelőző napon halt meg édesanyja. A soron következő futamokon Barcelonában és Zeltwegben szintén nyerni tudott, Monte-Carlóban harmadik lett, majd Montrealban ismét nyert. Ezt egy gyengébb sorozat követte: Nürburgring – itt visszatolták a pályára és ötödik lett, Magny-Cours – harmadik hely, Silverstone – negyedik hely, Hockenheim – hetedik hely, Hungaroring – nyolcadik hely. Mindez összefüggésbe volt hozható azzal a jelenséggel, hogy a Bridgestone gumik meglehetősen gyengén teljesítettek melegebb aszfalton a rivális Michelinhez képest, ráadásul vezetési stílusa miatt még a Bridgestone abroncsok közül is sokszor a lassabb kemény keveréket tették fel, míg csapattársa mehetett lágyabb gumikon.
A Magyar Nagydíjat követően a FIA felfedezte, hogy a Michelin abroncsainak futófelülete verseny közben a nyomás hatására szélesebbé válik a megengedettnél. A francia gumigyártó egy kiskaput használt ki a szabályokban, így addigi eredményeiket nem semmisítették meg, de megtiltották nekik, hogy a szóban forgó gumitípust a következő futamokon bevessék.
A világbajnoki pontverseny állása egyébként ekkor rendkívül szoros volt: az élen állt 72 ponttal a 71 pontos Juan-Pablo Montoya (BMW-Williams) és a 70 pontos Kimi Räikkönen (McLaren-Mercedes) előtt.
Monzában valamennyire növelni tudta előnyét azzal, hogy nyert Montoya, Barrichello és Räikkönen előtt, de a bajnokság még mindig nagyon kiélezett volt (Schumacher: 82 pont, Montoya: 79 pont, Räikkönen: 75 pont).
Az Amerikai Nagydíj döntő fontosságúnak bizonyult. Csak a hetedik helyen kvalifikálta magát, míg Räikkönen az elsőn, ám a versenyen eleredt az eső és ez kedvezett a német versenyzőnek, valamint a Bridgestone-gumiknak. Nyert Räikkönen előtt, míg a hatodik helyen célba érő Montoya elvesztette esélyét a világbajnoki címre.
A döntés közte és Räikkönen között az utolsó versenyre maradt, a Japán Nagydíjra. A változékony időjárás által nagyban befolyásolt időmérő edzésen a 14. helyen kvalifikálta magát, míg Räikkönen a nyolcadikon. A német versenyző egy számára meglehetősen mozgalmas versenyen a nyolcadik helyen ért célba, míg finn vetélytársa a másodikon, mely hatodik világbajnoki címét jelentette, amivel immár egyedüliként minden idők legsikeresebb Forma–1-es pilótája lett. A Ferrari versenyzője 93 pontot szerzett, míg Räikkönen 91-et. Ekkor jól jött neki a már korábban említett visszatolásért járó 4 pont, amit a Nürburgring-i 5. helyezéséért kapott. Nagyobb volt a különbség a futamgyőzelmek terén: míg ő hat versenyt nyert, addig Räikkönen egyet.

A Ferrari tovább erősödött és a 2002-es szezonban egyértelműen domináns autó volt az övék. Összesen tizenegy versenyt nyert (Melbourne, Interlagos, Imola, Barcelona, Zeltweg, Montreal, Silverstone, Magny-Cours, Hockenheim, Spa-Francorchamps, Suzuka), és 144 pontot szerzett. A bajnokság második helyén csapattársa, Rubens Barrichello végzett 77 ponttal.
A szezonra némileg árnyékot vetett az a tény, hogy a zeltwegi Osztrák Nagydíjon a Ferrari utasította az addig élen haladó Barrichellót arra, hogy engedje maga elé Schumachert, amit aztán a média és a közvélemény élesen bírált. Később ugyan „visszaadta” Barrichellónak ezt a versenyt (Indianapolis), ám azt a mozzanatot is hasonlóan sok bírálat érte.
Ötödik világbajnoki címét már hét versennyel a szezon vége előtt, a franciaországi Magny-Cours-ban bebiztosította, s ezzel beállította Juan Manuel Fangio addigi rekordját a világbajnoki címek számát illetően.

A 2001-es szezon újabb Schumacher-Häkkinen csatát ígért, ám ez végül nem vált valóra. A Ferrari – és különösen Schumacher – dominált az évben, a McLarennél pedig ezúttal Coulthard volt az erősebb és egy ideig tartotta is a lépést vele a pontversenyben. Jól ment az öccsével, Ralf Schumacherrel és az 1999-es amerikai CART-bajnokkal, Juan Pablo Montoyával felálló BMW-Williams is, ám mégis fölényesen nyerte a világbajnokságot, s már öt futammal a szezon vége előtt, a Magyar Nagydíjon bebiztosította címét. Az év során összesen 123 pontot szerzett és kilenc versenyt nyert (Melbourne, Sepang, Barcelona, Monte-Carlo, Nürburgring, Magny-Cours, Hungaroring, Spa-Francorchamps, Suzuka). A második helyezett David Coulthardnak 65 pontja volt a szezon végén.

„	Nagyszerű munkát végzett, miközben kitűnő szakemberekkel vette körül magát a Ferrarinál, és olyan környezetet teremtett, ami lehetővé tette, hogy 2000-ben, huszonegy év után megnyerték. Higgyék el nekem, hogy ez az ő érdeme, és nem Jean Todté vagy Luca di Montezemolóé	”
– Jackie Stewart