A 2006-os szezon volt Schumacher legutóbbi éve a Formula–1-ben. A szezon első versenye jól sikerült, hisz Bahreinben a második helyet szerezte meg az élről rajtolva. Ezután Malajziában a hatodik helyen ért csak a célba, csapattársa, Felipe Massa megelőzve őt az ötödik lett. Az Ausztrál Nagydíjon kiesett. Három verseny után 11 pontja volt és 18 ponttal volt lemaradva az éllovas Alonsótól, de Schumacher nem adta fel, és megnyerte az ezt követő két futamot. Mindkét versenyen a második helyet szerezte meg Alonso, így csak 4 pontot tudott rajta hozni. Monacóban megszerte az első rajtkockát, de az utolsó körében az autója az ideális íven megállt, emiatt Alonso nem tudott használható időt autózni. A FIA szándékosnak találta Schumacher cselekedetét, ezért a rajtrács végéről kellett rajtolnia. A szűk utcai versenyen, amelyen igen nehéz előzni, parádés autózással sikerült felérnie az ötödik helyre. A Kanadai Nagydíj után a hátránya 25 pont volt már Alonsóval szemben. Schumacher az elkövetkező három versenyt (Indianapolis, Magny-Cours, Hockenheim) megnyerte, aminek segítségével hátrányát 11 pontra csökkentette. A Francia Nagydíjon indulhatott utoljára forma 1-es pályafutása során az élről. Ezután következett a Magyar Nagydíj. Alonso kerékcseréje végett vetett a pilóta versenyének, mivel az egyik szerelő rosszul helyezte be az anyacsavart. Schumacher gumijai már teljesen elkoptak, de nem volt hajlandó kijönni a boxutcába. Pár körrel később kiesett a versenyből Heidfelddel való ütközése miatt, és a kilencedik helyet szerezte meg, de mivel Robert Kubica és autójának súlya kisebb volt az előírt minimumnál, őt kizárták, s így Schumachert a nyolcadik helyre rangsorolták, és ezzel egy pontot szerzett.
Az Amerikai Nagydíjon
Ezután következett egy harmadik hely Törökországban, Alonso mögött. A Ferrari hazainak mondható pályáján Monzában győzött, míg Alonso motorhiba miatt kénytelen volt feladni a versenyt. Ugyanitt Schumacher bejelentette, hogy az évad végén visszavonul az aktív versenyzéstől. Ezután Kínában ismét ő állhatott a dobogó legfelső fokán, az élről rajtoló Alonso csak a második helyen ért célba. Ekkor pontegyenlőség állt fenn, de a hétszeres világbajnoknak több futamgyőzelme volt, ezért az idényben először vezette az egyéni tabellát. A Japán Nagydíj vége előtt 16 körrel Schumacher az első helyről esett ki motorhiba miatt. Ez volt az első motorhibája a 2000-es Francia Nagydíj óta. A versenyt Alonso nyerte, aki így az idény utolsó versenye előtt 10 pontos előnyre tett szert.
A Ferrari és Schumacher is tudta, hogy egyetlen esélye van a világbajnoki címre, akkor ha Brazíliában nyerni tud úgy, hogy Alonso nem szerez pontot. A német az utolsó időmérő edzésén csak a tizedik helyet tudta megszerezni technikai problémák miatt. Schumacher feljött a hatodik helyre, és Fisichellát akarta előzni, amikor a két autó összeért. A Ferrari bal hátsó defektet kapott és a versenyzőnek ki kellett állnia a boxba. Csak a tizenkilencedik helyre ért vissza. Lemaradása a csapattársával, Massával szemben ekkor 70 másodperc volt. Nagy tempóval feljött a negyedik helyre. Érdekes, hogy Forma–1-es pályafutásának utolsó előzését épp Kimi Räikkönennel szemben mutatta be, aki később az ő helyére ült a Ferrariban. Alonso a második helyen ért célba, és 13 pont előnnyel megnyerte a 2006-os Formula–1 világbajnokságot. Ezzel, akkor úgy tűnt, befejeződött a Forma–1 eddigi legsikeresebb versenyzőjének pályafutása.
