A szoros csatát hozó 2003-as szezon után 2004-ben domináns év következett a Ferrari számára. Tizennyolc futamon összesen tizenhárom alkalommal szelte át elsőként a célvonalat (Melbourne, Sepang, Szahír (Bahrein), Imola, Barcelona, Nürburgring, Montreal, Indianapolis, Magny-Cours, Silverstone, Hockenheim, Hungaroring, Suzuka). Az évad első 13 versenyéből 12-t megnyert. A Magyar Nagydíj megnyerése után már csak csapattársának volt matematikai esélye ellene. A világbajnoki címet mégis egy második hellyel biztosította be a belgiumi Spa-Francorchamps-ban (ahol Kimi Räikkönen nyert a McLaren-Mercedessel) a Ferrari történetének 700. Formula–1-es versenyén.
A szezon során összesen 148 pontot gyűjtött – a második helyezett Rubens Barrichellónak 114 pontja volt.

2003-ban jelentős szabályváltozások történtek a Forma–1-ben – ezek közül a legjelentősebb az „egykörös” időmérő edzés bevezetése, valamint a pontrendszer megváltozása volt. Az eddigi pontelosztás most 10-8-6-5-4-3-2-1-re változott.
Ez a szezon jóval „döcögősebben” indult Schumacher számára, mint a korábbiak: negyedik lett Melbourne-ben, hatodik Sepangban, Interlagosban pedig kiesett, miután kicsúszott egy vízátfolyáson.
A San Marinói Nagydíjon nyerte első futamát az évben – ám ez egy szomorú győzelem volt, ugyanis az azt megelőző napon halt meg édesanyja. A soron következő futamokon Barcelonában és Zeltwegben szintén nyerni tudott, Monte-Carlóban harmadik lett, majd Montrealban ismét nyert. Ezt egy gyengébb sorozat követte: Nürburgring – itt visszatolták a pályára és ötödik lett, Magny-Cours – harmadik hely, Silverstone – negyedik hely, Hockenheim – hetedik hely, Hungaroring – nyolcadik hely. Mindez összefüggésbe volt hozható azzal a jelenséggel, hogy a Bridgestone gumik meglehetősen gyengén teljesítettek melegebb aszfalton a rivális Michelinhez képest, ráadásul vezetési stílusa miatt még a Bridgestone abroncsok közül is sokszor a lassabb kemény keveréket tették fel, míg csapattársa mehetett lágyabb gumikon.
A Magyar Nagydíjat követően a FIA felfedezte, hogy a Michelin abroncsainak futófelülete verseny közben a nyomás hatására szélesebbé válik a megengedettnél. A francia gumigyártó egy kiskaput használt ki a szabályokban, így addigi eredményeiket nem semmisítették meg, de megtiltották nekik, hogy a szóban forgó gumitípust a következő futamokon bevessék.
A világbajnoki pontverseny állása egyébként ekkor rendkívül szoros volt: az élen állt 72 ponttal a 71 pontos Juan-Pablo Montoya (BMW-Williams) és a 70 pontos Kimi Räikkönen (McLaren-Mercedes) előtt.
Monzában valamennyire növelni tudta előnyét azzal, hogy nyert Montoya, Barrichello és Räikkönen előtt, de a bajnokság még mindig nagyon kiélezett volt (Schumacher: 82 pont, Montoya: 79 pont, Räikkönen: 75 pont).
Az Amerikai Nagydíj döntő fontosságúnak bizonyult. Csak a hetedik helyen kvalifikálta magát, míg Räikkönen az elsőn, ám a versenyen eleredt az eső és ez kedvezett a német versenyzőnek, valamint a Bridgestone-gumiknak. Nyert Räikkönen előtt, míg a hatodik helyen célba érő Montoya elvesztette esélyét a világbajnoki címre.
A döntés közte és Räikkönen között az utolsó versenyre maradt, a Japán Nagydíjra. A változékony időjárás által nagyban befolyásolt időmérő edzésen a 14. helyen kvalifikálta magát, míg Räikkönen a nyolcadikon. A német versenyző egy számára meglehetősen mozgalmas versenyen a nyolcadik helyen ért célba, míg finn vetélytársa a másodikon, mely hatodik világbajnoki címét jelentette, amivel immár egyedüliként minden idők legsikeresebb Forma–1-es pilótája lett. A Ferrari versenyzője 93 pontot szerzett, míg Räikkönen 91-et. Ekkor jól jött neki a már korábban említett visszatolásért járó 4 pont, amit a Nürburgring-i 5. helyezéséért kapott. Nagyobb volt a különbség a futamgyőzelmek terén: míg ő hat versenyt nyert, addig Räikkönen egyet.

A Ferrari tovább erősödött és a 2002-es szezonban egyértelműen domináns autó volt az övék. Összesen tizenegy versenyt nyert (Melbourne, Interlagos, Imola, Barcelona, Zeltweg, Montreal, Silverstone, Magny-Cours, Hockenheim, Spa-Francorchamps, Suzuka), és 144 pontot szerzett. A bajnokság második helyén csapattársa, Rubens Barrichello végzett 77 ponttal.
A szezonra némileg árnyékot vetett az a tény, hogy a zeltwegi Osztrák Nagydíjon a Ferrari utasította az addig élen haladó Barrichellót arra, hogy engedje maga elé Schumachert, amit aztán a média és a közvélemény élesen bírált. Később ugyan „visszaadta” Barrichellónak ezt a versenyt (Indianapolis), ám azt a mozzanatot is hasonlóan sok bírálat érte.
Ötödik világbajnoki címét már hét versennyel a szezon vége előtt, a franciaországi Magny-Cours-ban bebiztosította, s ezzel beállította Juan Manuel Fangio addigi rekordját a világbajnoki címek számát illetően.

A 2001-es szezon újabb Schumacher-Häkkinen csatát ígért, ám ez végül nem vált valóra. A Ferrari – és különösen Schumacher – dominált az évben, a McLarennél pedig ezúttal Coulthard volt az erősebb és egy ideig tartotta is a lépést vele a pontversenyben. Jól ment az öccsével, Ralf Schumacherrel és az 1999-es amerikai CART-bajnokkal, Juan Pablo Montoyával felálló BMW-Williams is, ám mégis fölényesen nyerte a világbajnokságot, s már öt futammal a szezon vége előtt, a Magyar Nagydíjon bebiztosította címét. Az év során összesen 123 pontot szerzett és kilenc versenyt nyert (Melbourne, Sepang, Barcelona, Monte-Carlo, Nürburgring, Magny-Cours, Hungaroring, Spa-Francorchamps, Suzuka). A második helyezett David Coulthardnak 65 pontja volt a szezon végén.

„	Nagyszerű munkát végzett, miközben kitűnő szakemberekkel vette körül magát a Ferrarinál, és olyan környezetet teremtett, ami lehetővé tette, hogy 2000-ben, huszonegy év után megnyerték. Higgyék el nekem, hogy ez az ő érdeme, és nem Jean Todté vagy Luca di Montezemolóé	”
– Jackie Stewart

A 2000-es szezon három győzelemmel indult, majd Silverstone-ban egy harmadik hely következett a két McLaren-pilóta, David Coulthard és Mika Häkkinen mögött. Az évnek az első néhány futamán Coulthard erősebbnek tűnt Häkkinennél, de aztán az év előrehaladtával a finn ismét felülkerekedett csapattársán. Häkkinen az ötödik versenyen, Barcelonában aratta első futamgyőzelmét a szezon során, míg Schumachernek a verseny közben defektje volt, s egy nem tervezett kerékcsere miatt csak az ötödik helyen végzett. A nürburgringi esőversenyen ismét nyerni tudott Häkkinen előtt. Ezután egy balszerencsés időszak következett a német számára: a következő öt versenyen négyszer esett ki: Monacóban a felfüggesztés meghibásodása miatt vezető pozícióból, Magny-Cours-ban motorhiba miatt, Zeltwegben és Hockenheimben pedig egyaránt rajtbaleset következtében. Montrealban ugyan nyerni tudott, mégis a sorozatos kiesések azt eredményezték, hogy a Magyar Nagydíjra rendkívül szorossá vált az állás a világbajnoki pontversenyben közte, valamint Häkkinen és Coulthard között: neki 56 pontja volt, a két McLaren-pilótának pedig 54-54.
A hungaroringi futamot Häkkinen nyerte, így átvette a vezetést a pontversenyben, majd Spa-Francorchamps-ban újabb győzelmével már hat pontra növelte azt. Monzában azonban visszavágott és nyert finn vetélytársa előtt, így Häkkinen előnye ismét két pontra fogyott. Az Indianapolisban rendezett Amerikai Nagydíjat megnyerte, Häkkinen kiesett, így újra fordult a kocka, és két versennyel a szezon vége előtt Schumacher tett szert nyolc pontos előnyre az összetettben.
A világbajnokság a szuzukai Japán Nagydíjon dőlt el. A pole pozíciót szerezte meg, de a rajtot a második helyről induló Häkkinen nyerte, így az élre állt. A két világbajnoki esélyes nagy csatát vívott egymással, amelyben a többieket – beleértve csapattársaikat is – messze maguk mögött hagyták, ám egymással sokáig nem bírtak. Kettejük sorrendje az első boxkiállásaik után sem változott: Häkkinen továbbra is az élen maradt. Ekkor kissé szemerkélni kezdett az eső, a német pedig az addiginál szorosabban „tapadt” Häkkinenre. A döntő momentum a 37. körben érkezett el: Häkkinennek ekkor kellett kimennie második kerékcseréjére, Schumacher azonban további három körig kint tudott maradni saját második boxkiállása előtt. Második boxkiállása után Häkkinen elé tudott visszaállni, s ezzel eldőlt a verseny és a világbajnokság is: az övé lett mindkettő.
Az év utolsó futamán, a Maláj Nagydíjon már „csak” a konstruktőri világbajnoki cím volt a tét, amelyet Schumacher és Barrichello kettős győzelmével szintén a Ferrari hódított el. Összesen 108 pontot szerzett és kilenc versenyt nyert a 2000-es szezon során. Mika Häkkinen 89 ponttal lett második.

1999-ben is folytatódott a Häkkinen-Schumacher párharc – ám csak a Brit Nagydíjig. Addig a német pilóta két versenyt nyert (Imola, Monaco), ám Silverstone-ban egy pillanat alatt véget ért a hajsza, amikor Schumacher fékhiba miatt kiszaladt a Stowe-kanyarban és 107 km/h-s sebességgel frontálisan a gumifalba csapódott. Sípcsont-és szárkapocs-csont törést szenvedett a jobb lábában, és ennek következtében a következő hat futamon nem vehetett részt. Világbajnoki esélyét ezzel elvesztette, a csata csapattársa, Eddie Irvine és Häkkinen között folyt tovább.
Két versennyel a szezon vége előtt, a Maláj Nagydíjon tért vissza, ahol fölényes pole pozíciót szerzett, majd mindent megtett csapattársa, a Vb-esélyes Irvine győzelméért (kétszer elengedte, ráadásul Häkkinent is feltartotta), s a tervet sikerült is kivitelezni: Irvine nyert, Schumacher második lett, Häkkinen harmadik. A futamot követően azonban mindkét Ferrarit diszkvalifikálták, mert úgy találták, hogy az autók oldalsó légterelője nem felel meg a szabályoknak. Később a FIA párizsi meghallgatásán megállapították, hogy az eltérés mértéke belül volt az úgynevezett toleranciaküszöbön, így a kettős győzelmet mégis megtarthatta a Ferrari.
Az utolsó versenyen, Suzukában ismét az első rajtkockából indult, ám a rajtnál Häkkinen elment mellette és megnyerte a versenyt, így megszerezte második világbajnoki címét. A konstruktőrök között azonban a Ferrari diadalmaskodott. Ő maga 44 ponttal a bajnokság ötödik helyén végzett.