1997-ben további erősítést kapott a Ferrari. Egy évvel saját csapatváltása után Rory Byrne főmérnök és Ross Brawn technikai igazgató is követték a Benettontól az olasz istállóhoz.[36] Legnagyobb ellenfelének ezúttal Jacques Villeneuve bizonyult,[37] aki 1996 elején érkezett a Williams-Renault-hoz az amerikai IndyCar bajnokaként. Schumacher első futamát a szezon során Monte-Carlóban nyerte, majd ezt még négy diadal követte az év végéig (Montreal, Magny-Cours, Spa-Francorchamps, Suzuka).[36] A világbajnoki cím sorsa közte és Villeneuve között az utolsó futamon, Jerezben dőlt el.[36][37] A versenyt megelőzően egy ponttal vezetett kanadai vetélytársa előtt a pontversenyben. Az időmérő edzésen ő, Villeneuve és Villeneuve csapattársa, Heinz-Harald Frentzen ezredmásodpercre azonos idővel (1:21.072) kvalifikálta magát, de mivel közülük a kanadai futotta meg ezt az időt elsőként, ő indulhatott a pole pozícióból, Schumacher a második rajtkockából, míg Frentzen a harmadikból.[36]
A futam nagy részében vezetett, ám az utolsó kerékcseréjénél egy rossz garnitúra gumit kapott, és drasztikusan lelassult. Villeneuve ezt kihasználta, és utolérte a Ferrari pilótáját, majd a 48. körben előzésre szánta el magát. Villeneuve bebújt mellé, a német azonban befelé húzta az autóját, így összeütköztek. Schumacher kiesett, Villeneuve pedig továbbment és megnyerte a világbajnokságot.
Az eset érdekessége, hogy a kanadai versenyző San Marinóban kapott egy felfüggesztett büntetést, amely azt tartalmazta, hogy ha még egyszer előz az év során sárga zászló alatt, eltiltják a következő versenytől. Villeneuve a Japán Nagydíj edzésén előzött, ennek ellenére nem eltiltották a jerezi versenytől, hanem elvették a 2 pontját, amit Japánban szerzett.
Az FIA (Nemzetközi Automobil Szövetség) utólag Schumachert nevezte meg a baleset felelőseként és büntetésből elvette 1997-es szezonban szerzett összes pontját (78 pont), illetve a világbajnokságban megszerzett második helyét (a hivatalos statisztikájába ugyanakkor továbbra is beleszámítanak az 1997-ben megszerzett pontok).