1996-ban elhagyta a Benettont és az akkor gyengébb Ferrarinál folytatta Forma–1-es pályafutását.[30] Az olasz csapat ugyan a sport leghagyományosabb istállója, ám akkor már 1979 óta nem tudtak egyéni világbajnokságot nyerni. A csapatfőnök, Jean Todt már 1993-ban elkezdte az istálló struktúrájának újjászervezését, és Schumacher egy újabb fontos eleme volt ennek az építkezésnek.[33][34] Úgy tartották róla, hogy rendkívüli módon képes motiválni, ösztönözni a körülötte lévő munkatársakat és igazi csapatember. A fejlesztések szempontjából különösen értékes volt jó technikai érzéke és az a képessége, hogy tapasztalatait megfelelően is tudta kommunikálni a mérnököknek.
Tisztában volt vele, hogy 1996-ban nem fog a világbajnoki címért küzdeni, mert erre a Ferrari akkor még nem érett meg. A John Barnard által tervezett F310-es valóban hibás konstrukciónak bizonyult, ráadásul nagyon megbízhatatlan volt.[30] A szezon tizenhat versenyéből öt alkalommal esett ki valamilyen műszaki hiba miatt – Franciaországban például már a felvezető körben megadta magát a motor, pedig az első rajtkockából indult volna. Ennek ellenére a német pilóta nyert három versenyt – Barcelona, Spa-Francorchamps, Monza –, amelyek közül különösen az első emlékezetes. Ezen a szakadó esőben tört az élre és óriási fölénnyel nyert.[35] A monzai diadal érzelmi szempontból jelentett áttörést számára és az olasz Ferrari-szurkolók (tifosi) kapcsolatában, akik addig meglehetősen hűvösen álltak hozzá.
Első Ferrari-szezonjában a világbajnokság harmadik helyén végzett a két Williams mögött, 59 ponttal.[30]